Também conhecida como Copa do Mundo de Clubes ou Copa Toyota, a Copa Intercontinental foi ideia de Henri Delauney, ex-secretário-geral da UEFA. A sua sugestão, de que os campeões de dois continentes deveriam competir por um troféu global, também inspirou a criação da Copa Libertadores, a resposta da América do Sul à Liga dos Campeões da Europa.
Entre 1960 e 1980, todas as finais foram disputadas em duas partidas. Estranhamente, até 1968, os pontos, e não o placar agregado, eram o fator decisivo e se os pontos estivessem empatados, era necessária uma terceira partida. Os primeiros vencedores da competição foram o Real Madrid; Desde então, AC Milan, Penarol e Nacional venceram a competição, um recorde, três vezes cada.
A primeira participação do Manchester United na competição foi em 1968, quando perdeu um confronto brutal contra o Estudiantes de La Plata, da Argentina. Os sul-americanos venceram por 1 a 0 em casa e empataram em 1 a 1 com o United em Manchester. Em 1969, foi disputada a primeira final a duas mãos baseada em resultados agregados.
A competição esteve perto de ser dissolvida na década de 1970, quando vários clubes europeus, como Ajax, Liverpool e Bayern de Munique, reclamaram do jogo excessivamente agressivo dos sul-americanos. A competição também sobreviveu a situações como batalhas campais, alegações de corrupção e violação de regras.
Em 1980, a Toyota veio em socorro com a proposta de patrocinar uma partida única a ser disputada anualmente em Tóquio, na esperança de gerar interesse pelo futebol no Japão.
O primeiro e único sucesso do United na competição ocorreu em Novembro de 1999, vários meses após o segundo triunfo do clube na Liga dos Campeões da Europa. O time brasileiro do Palmeiras foi o adversário em Tóquio, onde um único gol do capitão Roy Keane no primeiro tempo e excelentes atuações de Ryan Giggs e do goleiro Mark Bosnich ajudaram os Reds a se sagrarem campeões mundiais pela primeira vez.
